西太后立既是侄儿又是外甥的德宗为皇帝，让他承继成丰帝为子，故称自己为“皇爸爸”，确立了母子关系。德宗大婚时，西太后把自己的内侄女指配给他做皇后。在光绪朝党争中，皇后自然站在“后党”一边。光绪帝对西太后硬塞给他的隆裕皇后从无好感，与宠妃珍妃却恩爱甚笃。由于西太后专横跋扈，隆裕后徒有中宫虚名，对西太后虽心怀不满，却无能为力。作为中宫皇后，她一方面不愿意“帝党”、彻底败北，内心仍有同情光绪帝的一面(尽管得不到理解与认同)，另一方面，她在感情上不能接受德宗宠爱珍妃冷落自己的局面，这又导致她在政治上无法倾向“帝党”，在感情上与德宗的裂痕日益扩大。政治因素与感情矛盾让隆裕处在无力自拔的困境中，做了近二十年的空名皇后，却没能体验到夫妇生活的甜蜜温馨，最终成为后妃制度与专制政治的牺牲品。

清德宗与珍妃倒是挚爱真诚的。从即位到驾崩，光绪帝始终处于西太后的淫威之下，处境压抑，心情忧郁。珍妃美丽活泼，擅书画，善弈棋，能拉会唱，在感情上给他以最大的慰藉。她会别出心裁地女扮男装，以英俊的身姿等候光绪帝的召见，带给他出其不意的愉快。光绪帝也经常打破一人独食的清制惯例，与她在养心殿共餐。

对德宗与珍妃的恩爱劲儿，西太后在感情上与政治上都看不入眼。她认为，皇帝之所以与皇后不和好，根源就在珍妃。如同对待阿鲁特氏一样，西太后对珍妃恨之入骨，千方百计找借口治她。甲午战争爆发后，帝党主战，后党主和。曾经珍妃推荐的文廷式与珍妃之兄志锐弹劾李鸿章等后党主和大臣，西太后为了打击帝党，亲自追究珍妃与文廷式是否有师生之谊，并以珍妃串通奏事房太监卖官鬻爵的罪名惩治她。

西太后命太监用竹鞭贵打珍妃，又让光绪帝当场下旨将她降黜为贵人。在清宫中，除非做出下贱事儿，即便责罚宫女，也不能打脸，而西太后却让隆裕皇后掌珍妃的嘴巴，来侮辱打击她。随后，她下令将珍妃羁禁别室，禁室外还挂上一块禁牌，上写：“光绪二十年十一月初一日，奉皇太后懿旨，皇后有统辖六宫之责，俟有妃嫔等如不遵家法，在皇帝前干预国政，颠倒是非，着皇后严加访查，据实陈奏，从重惩办，决不宽贷，钦此。”其后，西太后又滥施淫威，杖死珍妃位下太监六十余人。

次年，珍妃恢复原来的名位。戊戌变法时，她积极支持光绪帝变法，百日政变后再次囚禁在紫禁城北三所，与光绪帝隔离开来。她穿着戴罪妃嫔的服饰，囚拘的屋子只有一扇窗户，吃饭、洗脸都由太监传递进去。据一个晚清宫女回忆：

最苦的是遇到节日、忌日、初一、十五，老太监还要奉旨申斥，就是由老太监代表老太后，列数珍妃的罪过，指着鼻子、脸中斥，让珍妃跪在地下敬听。指定申斥是在吃午饭的时间举行，申斥完了以后，珍妃必须向上叩首谢恩。这是最严厉的宗法了

珍妃度过了两年囚禁生活，其时八国联军进逼北京，西太后唯恐光绪帝在列强支持下取代自己的统治，决定挟持其西逃。临行前，后宫妃嫔都来请安，珍妃也从囚所带到了现场低头跪着听训。西太后冷冷说：“洋人快进城了，兵荒马乱，在这里万一受到污辱，丢了皇帝的体面，可就对不住祖宗了。我们要避一避，你年轻，带你一块儿走不方便。”这纯粹是托词，珍妃姐姐瑾妃只比妹妹年长二岁，也随同西逃。

珍妃说：“老祖宗可以离京暂避。皇上应该坐镇京师，力挽危局!”

西太后脸一沉，冷笑着抢白道：“你死在眼前还胡主张什么?”说着，指指院中那口井说：“赐你一死，下去吧!”

珍妃说：“我没有应死之罪!”

西太后说：“不管你有罪没罪，都得死!”

珍妃说：“我要见皇上，皇上没让我死。”光绪帝也在一旁战粟地跪下哀求。